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Text File  |  1995-03-04  |  1.2 KB  |  30 lines
  1. *****************
  2. * Chromo domain *
  3. *****************
  4.  
  5. Modifiers of  variegation are proteins that modify  the structure of chromatin
  6. to the  condensed  morphology  of  heterochromatin,  a  cytologically  visible
  7. condition where  gene  expression  is  repressed.  Proteins  involved  in this
  8. phenomena contain  a  highly conserved domain of 37 amino-acid residues called
  9. [1] the 'chromo' (CHRromatin Organization MOdifier) domain.
  10.  
  11. Currently, this domain has been found in the following proteins:
  12.  
  13.  - Drosophila heterochromatin protein 1 (HP1).
  14.  - Drosophila protein Polycomb (Pc).
  15.  - Mammalian modifier 1, modifier 2 and modifier 3 [2].
  16.  
  17. The signature pattern for the chromo domain spans its entire length.
  18.  
  19. -Consensus pattern: [YF]-x(2)-E-x-[LIVM](2)-x-[KR](2)-[LV]-x(2)-G-x-[LV]-E-Y-
  20.                     x-[LIVM]-K-W-[KR]-G-[FYW]-x(4)-N-[ST]-W-E-P-E-x-N
  21. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  22. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  23. -Last update: October 1993 / Pattern and text revised.
  24.  
  25. [ 1] Singh P.B., Miller J.R., Pearce J., Kothary R., Burton R.D., Paro R.,
  26.      James T.C., Gaunt S.J.
  27.      Nucleic Acids Res. 19:789-794(1991).
  28. [ 2] Pearce J.J.H., Singh P.B., Gaunt S.J.
  29.      Development 114:921-930(1992).
  30.